・カウントの値をを見て表示と非表示を切り替えています。

#include "DxLib.h"

// 数えるカウンター
int Count;
// 文字列を表示するか
int Draw;

// ==============================
// *** 初期化処理 ***
// ==============================
void Game_Init()
{
	Count = 0;
	Draw = 1;
}
// ==============================
// *** 更新処理 ***
// ==============================
void Game_Update()
{
	// カウントを進める
	Count++;
	// 一定時間たったら
	if( Count >= 50 ){
		// ０に戻す
		Count = 0;
		// 非表示状態だったら
		if( Draw == 0 ){
			// 表示状態にする
			Draw = 1;
		}else{
			// そうでなかったら非表示に
			Draw = 0;
		}
	}
}
// ==============================
// *** 描画処理 ***
// ==============================
void Game_Draw()
{
	// 表示の時だけ
	if( Draw == 1 ){
		// 文字列を描画する
		DrawString( 50, 50, "文字列を点滅させます", GetColor( 255, 255, 255 ) );
	}
}
// ==============================
// *** 終了処理 ***
// ==============================
void Game_End()
{
}

// ******************************
// メイン関数
// ******************************
int WINAPI WinMain( HINSTANCE hInstance, HINSTANCE hPrevInstance, LPSTR lpCmdLine, int nCmdShow )
{
	ChangeWindowMode( TRUE );
	SetGraphMode( 500, 200, 16 );
	if( DxLib_Init() == -1 ){
		return -1;
	}
	SetDrawScreen( DX_SCREEN_BACK );

	Game_Init();		// *** 初期化処理 ***

	while( ProcessMessage() == 0 && CheckHitKey( KEY_INPUT_ESCAPE ) == 0 ){
		Game_Update();	// *** 更新処理 ***

		ClearDrawScreen();
		Game_Draw();	// *** 描画処理 ***
		ScreenFlip();
	}

	Game_End();			// *** 終了処理 ***
	DxLib_End();
	return 0;
}