・初期化でマップデータの値を０〜３のランダムに設定しています。
・マウスをクリックしたところの番号を０に変更しています。

#include "DxLib.h"

#define IMAGE_SIZE	50			// ボックス画像１枚の大きさ

#define MAP_WIDTH	10			// マップの幅
#define MAP_HEIGHT	4			// マップの縦長さ

// マップのデータ
int MapData[MAP_HEIGHT][MAP_WIDTH];

// グラフィックハンドル
int GHandle[4];

// ==============================
// *** 初期化処理 ***
// ==============================
void Game_Init()
{
	// それぞれのボックス画像を読み込む
	GHandle[0] = LoadGraph( "ボックス0.png" );
	GHandle[1] = LoadGraph( "ボックス1.png" );
	GHandle[2] = LoadGraph( "ボックス2.png" );
	GHandle[3] = LoadGraph( "ボックス3.png" );

	// マップデータにランダムな値を設定
	for( int h = 0; h < MAP_HEIGHT; h++ ){
		for( int w = 0; w < MAP_WIDTH; w++ ){
			// ０〜３
			MapData[h][w] = GetRand( 3 );
		}
	}
}
// ==============================
// *** 更新処理 ***
// ==============================
void Game_Update()
{
	// マウスを左ボタンを押しているとき
	if( GetMouseInput() & MOUSE_INPUT_LEFT ){
		int MouseX, MouseY;
		// マウスの位置を取得
		GetMousePoint( &MouseX, &MouseY );
		// 画像サイズで割ることで配列の何番目かを計算
		int w = MouseX / IMAGE_SIZE;
		int h = MouseY / IMAGE_SIZE;
		// そこの値を０にします
		MapData[h][w] = 0;
	}
}
// ==============================
// *** 描画処理 ***
// ==============================
void Game_Draw()
{
	// マップの描画
	for( int h = 0; h < MAP_HEIGHT; h++ ){
		for( int w = 0; w < MAP_WIDTH; w++ ){
			// マップデータから番号を取得
			int Number = MapData[h][w];
			// 表示座標を計算
			int PosX = w * IMAGE_SIZE;
			int PosY = h * IMAGE_SIZE;
			// その場所に番号の画像を描画
			DrawGraph( PosX, PosY, GHandle[Number], TRUE );
		}
	}
}
// ==============================
// *** 終了処理 ***
// ==============================
void Game_End()
{
	for( int i = 0; i < 4; i++ ){
		DeleteGraph( GHandle[i] );
	}
}

// ******************************
// メイン関数
// ******************************
int WINAPI WinMain( HINSTANCE hInstance, HINSTANCE hPrevInstance, LPSTR lpCmdLine, int nCmdShow )
{
	ChangeWindowMode( TRUE );
	SetGraphMode( 500, 200, 16 );
	if( DxLib_Init() == -1 ){
		return -1;
	}
	SetDrawScreen( DX_SCREEN_BACK );

	Game_Init();		// *** 初期化処理 ***

	while( ProcessMessage() == 0 && CheckHitKey( KEY_INPUT_ESCAPE ) == 0 ){
		Game_Update();	// *** 更新処理 ***

		ClearDrawScreen();
		Game_Draw();	// *** 描画処理 ***
		ScreenFlip();
	}

	Game_End();			// *** 終了処理 ***
	DxLib_End();
	return 0;
}